De acuerdo a la Estructura Orgánica del Municipio de Popayán (Decreto 121 de 2001) a la Secretaría de Salud Municipal le corresponde el desarrollo de las siguientes funciones:
- Fijar las políticas relacionadas con el fomento de la salud y la prevención de la enfermedad y velar por el cumplimiento de los términos y condiciones establecidos para su aplicación.
- Planear, dirigir, coordinar y controlar el cumplimiento de las funciones asignadas a la Secretaría y al personal a su cargo y garantizar la correcta aplicación de las normas y de los procedimientos vigentes en concordancia con los planes de desarrollo y las políticas trazadas.
- Dirigir la elaboración de los estudios para diagnosticar el estado de salud - enfermedad y elaborar el plan local de salud.
- Promover programas de atención preventiva, familiar, extra hospitalaria, el control del medio ambiente y control de factores de riesgo referentes al estado de salud - enfermedad de la población.
- Gestionar la financiación de la dotación, construcción, ampliación, remodelación y mantenimiento integral de las instituciones de prestación de servicios a cargo del municipio y de los centros de bienestar del anciano.
- Cumplir y hacer cumplir las normas técnicas para la construcción de obras civiles, dotaciones básicas y mantenimiento integral de instituciones del primer nivel de atención en salud, o para los centros de bienestar del anciano y las normas de orden sanitario.
- Dirigir labores de inspección, vigilancia y control de las instituciones que prestan servicios de salud, e informar a las autoridades competentes sobre la inobservancia de las normas de obligatorio cumplimiento.
- Promover y vigilar la afiliación de patronos y trabajadores a dichas entidades, así como velar por el cumplimiento de las normas sobre seguridad industrial y salud ocupacional.
- Estimular la participación comunitaria en la gestión y control del sector de la salud.
- Supervisar y controlar el recaudo de los recursos locales que tienen destinación específica para salud y coordinar su distribución.
- Coordinar con la oficina de planeación la aplicación de instrumentos y metodologías de focalización de los beneficiarios del régimen subsidiado en el área de su jurisdicción y orientar su puesta en marcha.
- Administrar los recursos del subsidio para la población más pobre y vulnerable en los términos previstos en la ley de seguridad social.
- Ejercer la inspección y vigilancia de la aplicación de las normas técnicas, científicas, administrativas y financieras que expida el Ministerio de Salud.
- Velar por el cumplimiento de las normas sobre pasivo prestacional de los trabajadores de la salud en su respectiva jurisdicción.
- Coordinar la celebración de contratos para la atención de salud de la población pobre y vulnerable.
- Ejercer la vigilancia y control del saneamiento ambiental y de los factores de riesgo de consumo.
- Preparar los proyectos de actos administrativos sobre las áreas propias de su competencia.
- Elaborar y presentar ante la instancia respectiva las solicitudes de requerimientos de recursos físicos, materiales, financieros y de factor humano necesarios para la ejecución de los planes, programas y proyectos que desarrolle la Secretaría y administrar correctamente los que le sean asignados para el cumplimiento de sus funciones.
- Garantizar la aplicación de estrategias y métodos de control interno, conforme a lo dispuesto por la Ley y demás normas vigentes con el fin de promover la eficiencia y eficacia en el desarrollo de las funciones de la Secretaría.
- Adelantar las gestiones necesarias para asegurar el oportuno cumplimiento de los planes, programas y proyectos de la Secretaría y adoptar sistemas o canales de información para la ejecución y seguimiento de los mismos.
- Proponer ajustes a la organización interna, funcionamiento y demás disposiciones que regulan los procedimientos y trámites administrativos internos de la Secretaría.
- Representar al Municipio por delegación del Alcalde en reuniones relacionadas con asuntos de competencia del Municipio o de la Secretaría a su cargo.
- Asistir a las reuniones de los consejos, juntas, comités y demás cuerpos en que tenga asiento el Municipio y para lo cual haya sido delegado o efectuar las delegaciones pertinentes.
- Orientar a la administración municipal, en la adecuada aplicación de las normas y procedimientos que se relacionen con el ámbito de su competencia.
- Asistir al Alcalde en la atención de quejas, reclamos y demandas de la ciudadanía.
- Participar en la ejecución de los programas y proyectos que integren un plan coordinado por otra Secretaría o dependencia.
- Rendir ante la autoridad competente o ante quien lo solicite, informes acerca de las actividades desarrolladas y resultados obtenidos en la Secretaría a su cargo.
- Desempeñar las demás funciones que en el marco de la naturaleza del cargo se deriven de los planes, programas o proyectos de la dependencia y que le sean asignadas por autoridad competente.
- Responder por los bienes asignados en el A22 y en caso de retiro hacer la correspondiente entrega en la oficina de Recursos Físicos para su descargue en el A23.